Come nei giochi precedenti, anche in Pokémon Mystery Dungeon Rescue Team DX giocherete nei panni di un essere umano che si è trasformato in un Pokémon. All'inizio di un gioco sarete sottoposti a un quiz per determinare quale Pokémon vi assomiglia di più, tra i possibili starter. In base alle vostre risposte, assumerete il ruolo del Pokémon corrispondente. A differenza del gioco originale, però, potrete declinare il Pokémon risultante dal quiz e scegliere lo starter che preferite. Poi potete anche scegliere il partner.
Ci sono 16 possibili starter. Eccoli: